石榴屬于淺根系類樹種，側根發達。20～70cm土層中根的分布數量最多，約占根總量的80%；0～20cm的表層土和70cm以下的深土層土壤中根量較少，只占根總量的20%。
石榴根在土壤內的水平分布范圍較大，石榴吸收根主要水平分布在距果樹0～150cm范圍內，約占總量的76. 07%，其中0～75cm、76～150cm處根量分別占42. 76%、33. 1%。
石榴的根具有很強的再生能力，在根系被截斷后，殘留在土壤中的部分根段上可以產生不定芽，萌發形成新的植株。
在根際處的不定芽易萌發產生萌蘗，在地上部分遭受嚴重凍害或其他原因死亡后，常用根蘗來培養新的植株并更新樹冠。
在正常的栽培過程中，果農常采取挖除措施，但這種方法過于粗暴，在挖除的過程中，難免或多或少會傷及根莖部分的皮層或木質部，繼而誘發來年萌生更多的萌蘗，進入除了又生、生了又除的惡性循環中。
如此多年往復，會嚴重削弱樹勢，誘發病害蔓延。正確的方法是刨開根莖處的土壤，尋找根蘗萌生的分枝部位，用修枝剪或手鋸，嚴格按照疏枝的方法，從分枝處徹底疏除，并晾干傷口，若傷口較大時，應涂抹保護劑，以防病害感染。
第一次在5月15日前后達最高峰，第二次在6月25日前后，第三次在9月5日前后。從3個峰值看地上地下生長存在著明顯的相關性。
5月15日前后地上部開始進入初花期，枝條生長高峰期剛過，處在葉片增大期，需要消耗大量的養分，根系的高峰生長有利于擴大吸收營養面，吸收更多營養供地上所需，為大量開花坐果做好物質準備，以后地上部大量開花、坐果，造成養分大量消耗，根據植物體內有機物的運輸規律，有機物優先供應給“代謝庫”——生殖器官，而抑制了地下生長。
6月25日前后大量開花結束進入幼果期，又出現一次根的生長高峰，當第二次峰值過后，根系生長趨于平緩，吸收營養主要供果實生長。第三次生長高峰出現在果實成熟前期，此期與保證完成果實成熟、果實采收后樹體積累更多養分及安全越冬有關。隨落葉和地溫下降，根系生長越來越慢，
至12月上旬30cm地溫穩定在8℃左右便停止生長，被迫進入休眠。而在翌年春季的3月上中旬當旬30cm地溫穩定在8℃左右時，又重新開始第二個生長季活動。在年周期生長中，根系活動明顯早于地上部活動，即先發根后萌芽。
一是石榴根系分布較淺，應注意深施有機肥，增加深層土壤有機質含量，誘導根系盡可能向較深土壤中生長，減少伏旱時因表層土壤含水迅速降低而產生的災害，同時可以擴大根系的吸收范圍，增強對不良環境的抵抗能力。
二是根據石榴吸收根系的特點，進入初果期（5年生）后，開挖施肥溝時，保持距離主干不小于50cm，促使新生根群靠近樹冠生長，而后隨樹齡增加擴溝外延，在生長季節追肥時，將化肥施入有機施肥坑，有減輕勞動、充分利用肥效的雙重作用。追肥應少量多次，在秋施基肥的基礎上，抓住春季萌芽前追肥，及時施夏季花后的果實膨大肥。
三是有條件的地方，盡可能地采用微灌、滴灌技術；在山地，應采用穴貯肥水技術或者深穴灌的方法，注意配合有機物地面覆蓋保墑，盡量增加深層根的數量，控制淺層根的數量。
在灌溉條件優越的地區，應盡可能地控制灌水次數，謹防錯誤的灌溉誘發根系上浮和土壤結構被破壞。
